Le saint patron de Molfetta est saint Conrad de Bavière, fêté le 9 février : il fut l'un des nombreux pèlerins qui, en route vers la Terre sainte, faisaient halte dans la ville, dotée d'un hôpital des croisés construit près de la basilique de la Madonna dei Martiri pour accueillir ceux qui se rendaient à Jérusalem. Conrad choisit de rester à Molfetta, dont il devint par la suite le saint patron. Ses ossements sont conservés, dans un buste en argent et or d'école napolitaine, dans la grandiose cathédrale dédiée à l'Assomption, ancien couvent jésuite juste à l'extérieur des remparts, qui conserve aussi un grand tableau du célèbre peintre molfettais du XVIIIe siècle Corrado Giaquinto, dont le nom fut donné à la pinacothèque métropolitaine de Bari.
La copatronne de la ville est la Madonna dei Martiri, vénérée dans la basilique du même nom à environ deux kilomètres du centre, en direction de Bisceglie : l'église actuelle s'appuie en partie sur un édifice du XIe siècle, dont subsistent une coupole et la structure sous-jacente où se trouve aujourd'hui l'autel, tandis que sur un côté demeure visible l'Ospedaletto dei Crociati, contemporain de l'ancienne église. Dès la première moitié du XIXe siècle, les marins de Molfetta ont élu la Madonna dei Martiri comme leur protectrice : le 8 septembre 1846, la statue de la Vierge, œuvre du sculpteur napolitain Giuseppe Verzella, fut placée sur deux barques à voile et transportée jusqu'au quai de l'ancien séminaire, à côté du vieux Duomo.
