Schutzpatron von San Giovanni Rotondo ist der heilige Johannes der Täufer, gefeiert am 24. Juni.
Die ihm geweihte alte Kirche, bekannt als „la Rotonda“, stammt aus dem 6.-7. Jahrhundert und ist das älteste und geschichtsträchtigste Sakralgebäude der Stadt, nach dem diese benannt wurde: In ihrem Inneren wird eine hölzerne Statue des Heiligen bewahrt, ein Werk eines unbekannten süditalienischen Bildhauers aus dem 15. Jahrhundert. Die Kirche war für die Langobarden eine Pflichtstation, da sie an der Via Sacra Langobardorum lag, die zur Grotte des Erzengels Michael führte. In der Stadt steht heute auch die Kirche San Pio da Pietrelcina, verbunden mit der Gestalt von Pater Pio, der einen Großteil seines Lebens in San Giovanni Rotondo verbrachte.
