Il patrono di San Giovanni Rotondo è san Giovanni Battista, festeggiato il 24 giugno.
L'antica chiesa a lui dedicata, nota come «la Rotonda», risale al VI-VII secolo ed è l'edificio religioso più antico e ricco di storia della città, da cui prese il nome: al suo interno si conserva una statua lignea del santo, opera del XV secolo di uno scultore meridionale rimasto ignoto. La chiesa era tappa obbligatoria dei Longobardi, poiché situata lungo il percorso della Via Sacra Langobardorum che conduceva alla grotta di San Michele Arcangelo. Nella città sorge oggi anche la chiesa di San Pio da Pietrelcina, legata alla figura di padre Pio, che a San Giovanni Rotondo visse gran parte della propria vita.
