Le saint patron de San Giovanni Rotondo est saint Jean-Baptiste, fêté le 24 juin.
L'antique église qui lui est dédiée, connue sous le nom de « la Rotonda », date des VIe-VIIe siècles et est l'édifice religieux le plus ancien et le plus riche d'histoire de la ville, qui lui doit son nom : elle conserve en son sein une statue en bois du saint, œuvre du XVe siècle d'un sculpteur méridional resté anonyme. L'église était une étape obligatoire pour les Lombards, car située sur le tracé de la Via Sacra Langobardorum menant à la grotte de saint Michel Archange. La ville abrite aujourd'hui aussi l'église San Pio da Pietrelcina, liée à la figure du padre Pio, qui vécut à San Giovanni Rotondo une grande partie de sa vie.
