El patrono de San Giovanni Rotondo es san Juan Bautista, festejado el 24 de junio.
La antigua iglesia a él dedicada, conocida como «la Rotonda», data del siglo VI-VII y es el edificio religioso más antiguo y con más historia de la ciudad, que tomó de ella su nombre: en su interior se conserva una estatua de madera del santo, obra del siglo XV de un escultor meridional que permanece anónimo. La iglesia era parada obligatoria de los longobardos, ya que se encontraba en el recorrido de la Via Sacra Langobardorum que conducía a la gruta de San Miguel Arcángel. En la ciudad se alza hoy también la iglesia de San Pio da Pietrelcina, vinculada a la figura del padre Pío, que vivió en San Giovanni Rotondo gran parte de su vida.
