El nombre podría venir del terreno. Una explicación lo hace derivar de sapo, una tierra arcillosa particular de consistencia parecida al jabón: es un término latino tomado del germánico a través de la Galia, y eso situaría el topónimo en época carolingia. La otra hipótesis es una planta, la Saponaria officinalis, todavía extendida en el territorio. De un modo u otro se habla de tierra, y de tierra vive este lugar: todo el municipio está ocupado por la floricultura y los viveros, y en la fiesta de primavera los viveristas construyen verdaderos jardines en las plazas del pueblo, llevando allí tierra, hierba, flores y plantas. El jardín más famoso, sin embargo, es más antiguo: la villa Valmarana tiene el parque romántico que Giuseppe Jappelli proyectó en 1816.
En el 897 Berengario I devolvió la Saccisica, y por tanto también Saonara, al obispo de Padua Pietro; el pueblo, sin embargo, se nombra por primera vez como Sabonaria el 9 de enero de 1080, cuando aquella donación fue confirmada al obispo Olderico. En los documentos de aquel tiempo aparecen las capillas de Saonara y de Villatora y el monasterio de las Muneghette — el nombre viene del véneto munega, es decir monja, y del convento benedictino no queda rastro: la iglesia, que en otro tiempo tuvo tres naves, es hoy un modesto oratorio de nave única, donde hace poco se han sacado a la luz los restos de algunos frescos de finales del siglo quince. De la historia más cercana, el pueblo recuerda la matanza de cuarenta y cuatro civiles, entre ellos un niño de cuatro años, cometida por soldados alemanes en retirada el 28 de abril de 1945.