Le nom pourrait venir du sol. Une explication le fait dériver de sapo, une terre argileuse particulière, d'une consistance semblable au savon : c'est un mot latin emprunté au germanique par la Gaule, ce qui placerait le toponyme à l'époque carolingienne. L'autre hypothèse est une plante, la Saponaria officinalis, encore répandue sur le territoire. D'une façon ou de l'autre il s'agit de terre, et c'est de terre que ce lieu vit : toute la commune est occupée par l'horticulture, et à la fête du printemps les pépiniéristes construisent de vrais jardins sur les places du village, en y apportant de la terre, de l'herbe, des fleurs et des plantes. Le jardin le plus célèbre, pourtant, est plus ancien : la villa Valmarana possède le parc romantique que Giuseppe Jappelli dessina en 1816.
En 897 Bérenger I restitua la Saccisica, et donc aussi Saonara, à Pietro, évêque de Padoue ; le village est cependant nommé pour la première fois comme Sabonaria le 9 janvier 1080, quand cette donation fut confirmée à l'évêque Olderico. Dans les documents de ce temps apparaissent les chapelles de Saonara et de Villatora et le monastère des Muneghette — le nom vient du vénitien munega, c'est-à-dire nonne, et du couvent bénédictin il ne reste nulle trace : l'église, qui eut jadis trois nefs, est aujourd'hui un modeste oratoire à nef unique, où l'on a récemment mis au jour les restes de quelques fresques de la fin du quinzième siècle. De l'histoire plus proche, le village se souvient du massacre de quarante-quatre civils, dont un enfant de quatre ans, perpétré par des soldats allemands en retraite le 28 avril 1945.