La patronne de Vernazza est sainte Marguerite d'Antioche, fêtée le 20 juillet. L'église paroissiale qui lui est dédiée, témoignage de l'école antelamique commencée en 1318, conserve parfaitement ses trois larges nefs ; l'entrée s'ouvre du côté de l'abside et l'autel est orienté vers l'est, selon l'usage liturgique ancien, tandis que la tour octogonale, posée sur l'abside, s'achève par un rétrécissement particulier après un double couronnement d'arcatures.
Le bourg commença à se peupler au XIe siècle, grâce à la menace sarrasine réduite après la bataille de 1016, avec l'arrivée des habitants des établissements perchés autour du sanctuaire de Nostra Signora di Reggio. Le château Doria, dont les premières mentions remontent au XIIIe siècle sur un noyau peut-être du XIe, tire son nom de la famille génoise qui vainquit en 1273 Nicolò Fieschi, lequel tentait de se créer une seigneurie indépendante de Gênes dans le golfe de La Spezia : trois ans plus tard, en 1276, Fieschi fut contraint de vendre à la République tous ses droits sur la région.
