Sant'Agapito, commune définie comme « porte du Matese » en raison de sa position sur les contreforts nord-ouest du massif, tire son nom de son patron, le martyr chrétien Agapit, auquel était dédiée l'église autour de laquelle se développa le noyau urbain originel : de « Sanctum Agapitum », le nom du bourg se transforma en « Santa Capiata » en 1516.
Le territoire fit partie du comté d'Isernia à l'époque lombarde et du comté du Molise à l'époque normande ; au XIIe siècle, il devint le fief d'une famille qui en prit le nom. Le bourg conserve aujourd'hui l'église San Nicola di Bari, église mère de la commune, dans le centre historique, de structure romane, édifiée sur les vestiges d'un ancien temple païen : ses deux façades, l'une sur la via Carbonari, l'autre sur la via Manzoni, permettent de voir son entrée depuis les deux principales rues du bourg, et à l'intérieur on peut admirer de nombreuses statues de saints. Sant'Agapito comprend aujourd'hui aussi les hameaux de Colannoni, Coriemano, Pietradonata, Scalo Ferroviario et Temennotte.
