Sant'Agapito, comune definito «porta del Matese» per la sua posizione sulle propaggini nord-occidentali del massiccio, prende il nome dal patrono, il martire cristiano Agapito, a cui era dedicata la chiesa attorno alla quale si sviluppò il nucleo urbano originario: da «Sanctum Agapitum», il nome del paese si trasformò in «Santa Capiata» nel 1516.
Il territorio fece parte della contea di Isernia in epoca longobarda e della contea del Molise in epoca normanna; nel XII secolo divenne feudo di una famiglia che ne assunse il nome. Il paese conserva oggi la chiesa di San Nicola di Bari, chiesa madre del comune, nel centro storico, con struttura romanica sorta sui resti di un antico tempio pagano: le sue due facciate, una su via Carbonari e l'altra su via Manzoni, permettono di vederne l'ingresso da entrambe le strade principali del paese, e al suo interno si possono ammirare numerose statue di santi. Sant'Agapito comprende oggi anche le frazioni di Colannoni, Coriemano, Pietradonata, Scalo Ferroviario e Temennotte.
