Il nome compare per la prima volta nel diploma dell'undici giugno 983, con cui l'imperatore Ottone II concede il castello al patriarca di Aquileia. I patriarchi lo diedero poi in feudo a un consorzio di famiglie nobili e misero un gastaldo ad amministrare la giustizia su un distretto che comprendeva, oltre a Fagagna, altri diciassette villaggi. Intorno al castello c'erano cinque piccoli borghi che, verso la fine del Trecento, insieme al castello diedero vita alla Comunità di Fagagna, retta da un consiglio di dodici: quattro nobili del castello e otto popolani. Fagagna si consegnò a Venezia nel 1420, il castello perse ogni utilità militare e il palazzo del patriarca andò in rovina; e con le sue pietre, portate giù, fu costruito il palazzo della Comunità, finito ai primi del Cinquecento, con il loggiato al pianterreno e una trifora sopra, sormontata dal leone di San Marco. Delle tre porte del borgo ne resta una sola, quella che chiamano di Sinagoga.
A Villa Volpe, dove fino a giugno stette il comando supremo dell'esercito italiano, fu firmata il ventiquattro maggio del 1915 la dichiarazione di guerra all'Austria-Ungheria; lo ricordano due lapidi, messe in epoche diverse. Quattro secoli prima, nel 1511, durante la rivolta contadina passata alla storia come il crudele giovedì grasso, il vicino castello di Villalta fu assalito e mezzo distrutto: pochi giorni dopo un violento terremoto distrusse quel poco che si era salvato. La chiesetta di San Leonardo, sconsacrata con le soppressioni napoleoniche, è stata usata come pagliaio fino a qualche decennio fa e adesso è restaurata. Nell'oasi dei Quadris, aperta nel 1989, è stata reintrodotta la cicogna bianca. E dal 1891 la sagra del paese si apre con la corsa degli asini, la prima domenica di settembre.