Il Cormor attraversa l'abitato, e a prima vista sembra un fiume di risorgiva, con una portata perenne e una temperatura dell'acqua quasi costante; in realtà scende dalle pendici dell'anfiteatro morenico, alimentato dalle acque meteoriche dei rilievi, e lungo tutta l'alta pianura il suo solco è pressoché asciutto per buona parte dell'anno, tranne quando piove forte. Un opuscolo del 1899 riporta il soprannome che la gente gli aveva dato, e quel soprannome è il nome: corre e muore, da cui Cormor. Eppure il venti settembre 1920 quel torrente, superata la stretta di Pozzuolo, si aprì a ventaglio e sommerse Santa Maria di Sclaunicco, Lestizza, Talmassons e Flumignano. Spostarlo è stato necessario più di una volta: nel 1543 fu canalizzata la roggia di Pozzuolo, che garantendo un apporto d'acqua costante permise di irrigare i campi. Gli appezzamenti sono delimitati da filari di gelsi — morâr — che una volta servivano a nutrire i bachi da seta, e i campi sono di granturco, e lo sono da secoli.
Il nome è romano, da un Murtelius che era probabilmente un antico colono di qui, e la prima volta che il posto compare in un documento è nel 1247, come Mortellanum, fra le pievi soggette a tassazione da parte del patriarca di Aquileia. Molto prima, quando le invasioni e le epidemie avevano svuotato le campagne, i patriarchi avevano fatto una cosa che vale la pena sapere: per ripopolare questi campi ricorsero a immigrazioni forzate di popoli slavi, a volte fondando insediamenti nuovi — il vicino comune di Basiliano fu uno di quelli, e se n'è tenuto la memoria nel nome, Pasian Schiavonesco, fino al 1923. A Mortegliano i nuovi arrivati lasciarono invece un quartiere: il Borc Sclavs, lungo l'attuale via Marconi, dove fra il dodicesimo e il tredicesimo secolo si riunirono le famiglie venute dalle terre slave. Nel 1309, nella lotta fra il conte di Gorizia e il patriarca, bande armate guidate da un conte slavo, Giovanni Babanic, cognato del conte di Gorizia, entrarono nel paese, lo saccheggiarono, lo incendiarono e lo conquistarono — e quello fu l'unico fatto di rilievo di tutta l'invasione dei goriziani, che pure aveva costretto il patriarca Ottobono a fuggire da Udine verso Bologna. La ferocia usata a Mortegliano fu giudicata così pericolosa che Ottobono si affrettò a trattare un accordo col conte di Gorizia già l'anno dopo. Sul terreno leggermente sopraelevato dell'attuale piazza San Paolo c'era una chiesa; fu demolita nel 1490 per far posto a una più grande, e quella fu demolita nel 1864 per far posto al duomo che c'è adesso — e accanto al duomo sta il campanile, alto centotredici metri, il più alto d'Italia.