Tra i patroni di San Pellegrino Terme c'è la Madonna di Caravaggio, festeggiata il 26 maggio.
L'altro patrono del paese è san Pellegrino di Auxerre, da cui il comune prende il nome, venerato nella Chiesa di San Pellegrino. Il paese conserva anche le storiche Terme di San Pellegrino e si affaccia sul Monte Zucco.