Il nome viene da un'usanza longobarda: quando un guerriero cadeva o spariva in battaglia lontano da casa, i familiari alzavano una pertica sormontata dal simulacro di una colomba, rivolta verso il luogo dove era successo. Il comune, come tale, è recente: è stato creato nel 1928 dalla fusione di Bel Prato, Livemmo e Navono, e oggi tiene insieme sei frazioni — Belprato, Lavino, Livemmo, Navono, Noffo e Odeno. Una di queste, Noffo, non ha nessuna chiesa, e i suoi abitanti hanno sempre fatto riferimento alla parrocchiale di Lavino. Belprato si chiamava semplicemente Prato fino al 1863, quando un regio decreto gli mise davanti il «Bel» per distinguerlo dalle altre municipalità omonime del regno: un paese a cui è stato fatto un complimento per decreto.
Molto prima del comune c'era l'Universitas Perticae Vallis Sabbi, un'organizzazione che stava sopra i singoli paesi, sicuramente attiva dal 1382 e durata fino al 1797, e che comprendeva anche l'odierno territorio di Pertica Bassa e gli abitati di Bisenzio e Presegno. Lo stemma di adesso non riprende niente dagli emblemi dei comuni che hanno formato Pertica Alta — il bue di Livemmo, le tre pietre di confine accostate di Navono, il leone rampante di Odeno — ed è invece una variazione di quello che il comune si era dato da sé nel 1950. Nel 2022 la frazione di Livemmo è stata scelta fra i borghi finanziati dal piano nazionale: la Regione l'ha giudicata la migliore delle trentadue proposte lombarde e le ha erogato poco meno di venti milioni di euro.
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