Il patrono di Germignaga è san Giovanni Battista, festeggiato il 24 giugno nella Chiesa dei Santi Giovanni Battista e Rocco.
Una delle tradizioni più antiche del paese è la processione dell'Intiéro, celebrata il Venerdì Santo e documentata dalla tradizione locale almeno dal 1686, preceduta dalla rappresentazione della deposizione. La festa della Madonna del Rosario, celebrata tradizionalmente la prima domenica di ottobre con una processione per le vie del paese, è legata alla preparazione del croccante di Germignaga, dolce a base di mandorle, zucchero e miele. La notte del 31 dicembre si tiene invece la manifestazione tradizionale «Se brusa ul vecc». Il paese conserva anche la Chiesa di San Carlo Borromeo.
