La patrona di Santa Marina Salina è santa Marina, festeggiata il 17 luglio, con la chiesa a lei dedicata nel cuore del paese. Il nome stesso del comune deriva dal suo culto, diffusosi nell'isola a partire dal XVI secolo: fu portato probabilmente da coloni di origine veneta, giunti come esuli alle Eolie da varie località del Mediterraneo a causa del progressivo ridursi dei territori della Repubblica di Venezia conquistati dall'Impero ottomano, poiché santa Marina è compatrona proprio di Venezia.
Il paese si trova sull'isola di Salina, alle pendici del Monte Fossa delle Felci, il punto più alto di tutte le Eolie. Nel 1867 Salina, unica isola dell'arcipelago densamente popolata insieme a Lipari, fu costituita in comune autonomo con capoluogo a Santa Marina; nel 1909 si giunse infine alla separazione negli attuali tre comuni di Santa Marina Salina, Malfa e Leni. Il paese conserva anche l'area archeologica del Villaggio di Portella, di origine dorica.
