Il patrono di Passignano sul Trasimeno è san Cristoforo, festeggiato il 25 luglio. La chiesa a lui dedicata, oggi chiesa del cimitero, è un'antica pieve costruita prima dell'anno Mille sulle rovine di un precedente tempio pagano.
Il borgo, che sorge su un promontorio affacciato sulla sponda settentrionale del lago Trasimeno ed è annoverato fra i «Borghi più belli d'Italia», si sviluppò soprattutto in epoca moderna, fra Cinquecento e Seicento: proprio nel Cinquecento videro la luce sia la chiesa rinascimentale di San Rocco sia il santuario della Madonna dell'Oliveto, probabilmente progettato da Mariotto Radi. Nel punto più alto del paese sorge la Rocca, edificata in età medievale, che ospita oggi il Museo delle barche, con imbarcazioni provenienti dal lago Trasimeno, da Piediluco e dal Padule di Fucecchio. Nel XV secolo la zona era dominio della potente famiglia degli Oddi, che deteneva vari possedimenti sul Trasimeno, a Vernazzano, Montalera, Castiglione del Lago e altrove, oltre alla contea di Laviano nel Chiugi.