Il nome dice che qui cominciava l'argine. Le Fossiones philistinae, il sistema di arginatura dell'Adige che stava poco più a nord, hanno dato al posto il nome di Caput aggeris, «capo dell'argine»: da lì Caputargilis, poi Caodarzere in veneto e Cavarzere in italiano. Il castello, invece, non c'è più: descritto come «gran fortezza e bella, fornita di armi e vettovaglie», fu abbattuto nel Cinquecento per far posto al duomo e agli argini indispensabili sul fiume. Nello stemma della città c'è ancora, disegnato al naturale: un castello che nessuno vede più da cinque secoli.
Nel 1923 Cavarzere doveva essere spartita fra le province di Rovigo e di Venezia; la popolazione protestò e il progetto fu ritirato, e la Provincia di Venezia regalò al comune una colonna sormontata dal Leone di San Marco, che guarda verso Venezia, per ringraziare i cittadini della loro fedeltà. Poi vennero le due ferite. I bombardamenti della seconda guerra mondiale rasero al suolo quasi tutto il paese — sul muraglione dell'argine si vedono ancora i fori dei proiettili, e il gemellaggio è con Cassino — e l'alluvione del 1951 fece partire moltissima gente, molta della quale si stabilì a Settimo Torinese, con cui il comune è gemellato anche per questo. Il municipio è palazzo Barbiani, del 1892, e la sua torre campanaria, alta sessantacinque metri, è fra le più alte del Veneto.