Il paese prende il nome da un'abbazia, e l'abbazia lo prende da un pezzo di valle. Nel 1040, sotto la giurisdizione del vescovo di Verona, un tedesco di nome Walterio costruì un castello sul colle San Pietro; andò distrutto quasi subito, e sulle sue rovine fu costruito il monastero dei santi Pietro, Vito e Modesto, con monaci tedeschi dell'ordine di San Benedetto, come l'abbazia di San Zeno a Verona. Nel 1185 papa Lucio III, che allora teneva la sede del papato a Verona, venne a consacrarne la chiesa. Siccome sorgeva nel tratto di vallata chiamato Calavena, fu detta Badia della Calavena, e da lì il paese sottostante ha preso il nome. Di tedeschi, insomma, qui ce n'erano già prima dei cimbri — e quando i cimbri arrivarono, i due non andarono d'accordo. Carlo Cipolla conta Badia come il secondo insediamento cimbro della Lessinia dopo Roverè, nel 1333, e lo descrive come numeroso; e un atto del dieci gennaio di quello stesso anno cita già una lite fra il monastero e gli abitanti di Badia per pascoli e terreni. Litigarono di nuovo nel Cinquecento, quando i badiesi cercarono di approfittare della decadenza dell'abbazia.
Il paese vero e proprio è nato nel Quattrocento, ed è cresciuto esattamente mentre la vecchia abbazia decadeva: prima le case stavano dentro il perimetro del monastero, nella parte alta, e i vecchi documenti registrano che nel 1442, fuori, c'erano un'osteria e una beccaria. Badia comincia da lì. Un monastero nuovo lo fece costruire un giovane abate veronese, ricco e nobile, Maffeo Maffei, inglobando edifici più antichi e prendendo il posto di Monte San Pietro; passò a una congregazione e poi a un'altra, e oggi i suoi resti sono rovinati dal parziale abbandono e dalle abitazioni civili che ci si sono infilate dentro, mentre il patrimonio del monastero — arredi preziosi e un ricco archivio — è andato disperso: una parte minima sta all'Archivio di Stato di Verona, il resto in mani private o distrutto. Nelle stanze accanto alla vecchia chiesa di Monte San Pietro c'è adesso un museo dedicato alla selce e alla pietra focaia. La peste del 1630 arrivò anche qui, e a Sprea la ricordano ancora in una cerimonia per san Rocco; nel 1797 Badia fu fatta capoluogo del distretto della Montagna, e i tredici antichi comuni cimbri veronesi persero la forte autonomia che avevano. Oggi il comune chiama tutto il proprio territorio Peper Park, il parco delle energie pulite e rinnovabili — il nome l'hanno scelto gli studenti delle scuole con un concorso — e nel 2008 qui è stato installato il primo grande generatore eolico del Veneto.