Schutzpatronin von Mola di Bari ist die Schmerzensmutter Maria, gefeiert am zweiten Sonntag im September.
Die Stadt erlebt auch die Riten der Karwoche mit großer Intensität: Von der der Heiligsten Dreifaltigkeit geweihten Kirche zieht am Karfreitag die abendliche Prozession des toten Christus los, während der die Brüder des heiligen Franziskus a cappella den alten lateinischen Hymnus Vexilla Regis singen, während am Karmontag die Prozession der Heiligen Mysterien stattfindet. Eine einst für Bestattungen genutzte Krypta wurde 1744 in ein Oratorium umgewandelt, um einen Reliquienschrein mit Holzfragmenten aufzunehmen, die der Überlieferung nach dem Kreuz Christi zugeschrieben werden und 1713 dem Kapitel von Mola geschenkt wurden.
