La patrona di Mola di Bari è Maria Santissima Addolorata, festeggiata la seconda domenica di settembre.
La città vive con grande intensità anche i riti della Settimana Santa: dalla chiesa dedicata alla Santissima Trinità parte la processione serale del Venerdì santo del Gesù Morto, durante la quale i confratelli di San Francesco d'Assisi intonano a cappella l'antichissimo inno latino del Vexilla Regis, mentre il Lunedì santo si tiene la processione dei Sacri Misteri. Una cripta, un tempo usata per le sepolture, fu trasformata in oratorio nel 1744 per ospitare un reliquiario con frammenti lignei attribuiti dalla tradizione alla Croce di Cristo, donati al Capitolo di Mola nel 1713.