Bis ins frühe Mittelalter ist die Geschichte des Ortes die von Sarcapos, einer Handelsstadt nahe der Mündung des Flumendosa und dem einzigen Flusshafen der ganzen Ostküste Sardiniens, einem Stützpunkt der Routen nach Etrurien. Sie erscheint in den römischen Itinerarien an der Straße von Cagliari nach Olbia, zwischen Ferraria und Porticenses, bei der Mündung des Saipros Potamos, also des Flumendosa. Ab dem achten Jahrhundert zogen die Bewohner wegen der Überfälle dorthin, wo heute Villaputzu liegt und wo man sich leichter verteidigen konnte. Mittelalterliche Urkunden nennen das Dorf auf viele Arten — Villa Pupus, Villa Pubussi de Sarrabus und dann Pututhi, Pupusti, Pupucci zwischen 1316 und 1346. Im Gebiet hatten die Richter von Cagliari eine Burg, jene von Quirra. Mit der aragonesischen Eroberung, 1324, zerbrach der Ort in zwei Siedlungen, Tarruti und Villa Pupusi; die Burg wurde vergeblich von den Doria und dann von den Arborensern belagert, und 1363 überließ Peter der Vierte der Zeremoniöse sie zusammen mit dem Dorf dem Berengario Carroz: So kam Villaputzu mit weiteren siebenundsiebzig Dörfern zur Grafschaft Quirra, von denen ein Teil heute nicht mehr besteht.
1646 strandete ein französisches Kriegsschiff an dieser Küste: Vierhundert Mann der Besatzung retteten sich und verschanzten sich in der Burg, mussten sich aber ergeben und wurden gefangen genommen; die geborgene Artillerie des Schiffs brachte man nach Cagliari und verwendete sie zur Verteidigung der Bastionen der Stadt. Den letzten Lehnsherren, den Osorio de la Cueva, Marquis von Quirra, wurde der Ort 1839 abgekauft. Die alte Kirche San Giorgio, im zwölften Jahrhundert von den Genuesen erbaut und von den Aragonesen spätgotisch umgestaltet, stürzte im zwanzigsten Jahrhundert aus Vernachlässigung ein: Deshalb weihte 1904 der Bischof der Ogliastra, Giuseppe Paderi Concas, ein Sohn des Ortes, die Pfarrkirche dem Patron, die bis dahin den Namen Santa Caterina trug. Seit 1956 beherbergt ein Teil des Gebiets den Erprobungsplatz der Streitkräfte von Salto di Quirra, und darüber läuft ein Verfahren, das die Verantwortung für die Folgen klären soll, die mehr als ein halbes Jahrhundert Waffenerprobung für die Gesundheit der Arbeiter und der Menschen hatte, die in den angrenzenden Gebieten leben und wirtschaften. Aus Villaputzu stammte Efisio Melis, 1890 geboren und 1970 in Cagliari gestorben, einer der großen Spieler der launeddas: Im Dorf standen seine Anhänger denen eines anderen tüchtigen Spielers gegenüber, Antonio Lara.