Hasta la alta Edad Media la historia del pueblo es la de Sarcapos, ciudad comercial que estaba cerca de la desembocadura del Flumendosa y que era el único puerto fluvial de toda la costa oriental sarda, punto de apoyo de las rutas hacia Etruria. Aparece en los itinerarios romanos a lo largo del camino de Cagliari a Olbia, entre Ferraria y Porticenses, junto a la desembocadura del Saipros Potamos, es decir del Flumendosa. Desde el siglo octavo, por las incursiones, los habitantes se trasladaron adonde está hoy Villaputzu, más fácil de defender. Los documentos medievales llaman al pueblo de muchas maneras — Villa Pupus, Villa Pubussi de Sarrabus, y luego Pututhi, Pupusti, Pupucci entre 1316 y 1346. En el territorio los jueces de Cagliari tenían un castillo, el de Quirra. Con la conquista aragonesa, en 1324, el pueblo se partió en dos asentamientos, Tarruti y Villa Pupusi; el castillo fue asediado en vano por los Doria y luego por los de Arborea, y en 1363 Pedro IV el Ceremonioso lo cedió a Berengario Carroz junto con el pueblo: Villaputzu entró así en el condado de Quirra con otros setenta y siete pueblos, parte de los cuales hoy ya no existen.
En 1646 un navío de guerra francés naufragó en este litoral: cuatrocientos hombres de la tripulación se salvaron y se fortificaron dentro del castillo, pero tuvieron que rendirse y fueron hechos prisioneros; la artillería recuperada del barco fue llevada a Cagliari y usada para defender los bastiones de la ciudad. El pueblo fue rescatado a sus últimos feudatarios, los Osorio de la Cueva, marqueses de Quirra, en 1839. La antigua iglesia de San Giorgio, construida por los genoveses en el siglo doce y rehecha por los aragoneses en estilo gótico tardío, se derrumbó en el siglo veinte por abandono: por eso en 1904 el obispo de Ogliastra Giuseppe Paderi Concas, nacido aquí, dedicó al patrón la parroquial, que hasta entonces llevaba el nombre de Santa Caterina. Desde 1956 una parte del territorio alberga el polígono experimental interfuerzas de Salto di Quirra, y sobre él está en curso un proceso para atribuir las responsabilidades del impacto que más de medio siglo de ensayos de material bélico ha tenido en la salud de los trabajadores y de quienes viven y cultivan en los terrenos contiguos. De Villaputzu venía Efisio Melis, nacido en 1890 y muerto en Cagliari en 1970, uno de los grandes tocadores de launeddas: en el pueblo sus admiradores se oponían a los de otro valioso tocador, Antonio Lara.