Jusqu'au haut Moyen Âge l'histoire du village est celle de Sarcapos, cité commerçante qui se trouvait près de l'embouchure du Flumendosa et qui était le seul port fluvial de toute la côte orientale sarde, point d'appui des routes vers l'Étrurie. Elle figure dans les itinéraires romains le long de la route de Cagliari à Olbia, entre Ferraria et Porticenses, près de l'embouchure du Saipros Potamos, c'est-à-dire du Flumendosa. À partir du huitième siècle, à cause des incursions, les habitants se déplacèrent là où se trouve aujourd'hui Villaputzu, plus facile à défendre. Les documents médiévaux appellent le village de bien des façons — Villa Pupus, Villa Pubussi de Sarrabus, puis Pututhi, Pupusti, Pupucci entre 1316 et 1346. Sur ce territoire les juges de Cagliari avaient un château, celui de Quirra. Avec la conquête aragonaise, en 1324, le village se brisa en deux établissements, Tarruti et Villa Pupusi ; le château fut assiégé en vain par les Doria puis par ceux d'Arborée, et en 1363 Pierre IV le Cérémonieux le céda à Berengario Carroz avec le village : Villaputzu entra ainsi dans le comté de Quirra avec soixante-dix-sept autres villages, dont une partie n'existe plus.
En 1646 un navire de guerre français fit naufrage sur ce littoral : quatre cents hommes de l'équipage se sauvèrent et se fortifièrent dans le château, mais durent se rendre et furent faits prisonniers ; l'artillerie récupérée sur le navire fut portée à Cagliari et servit à défendre les bastions de la ville. Le village fut racheté à ses derniers feudataires, les Osorio de la Cueva, marquis de Quirra, en 1839. L'ancienne église San Giorgio, bâtie par les Génois au douzième siècle et refaite par les Aragonais en style gothique tardif, s'écroula au vingtième siècle par abandon : c'est pourquoi en 1904 l'évêque d'Ogliastra Giuseppe Paderi Concas, natif du lieu, dédia au saint patron l'église paroissiale, qui jusque-là portait le nom de Santa Caterina. Depuis 1956 une partie du territoire abrite le polygone expérimental interarmées de Salto di Quirra, et un procès est en cours pour établir les responsabilités de l'impact que plus d'un demi-siècle d'essais de matériel militaire a eu sur la santé des travailleurs et de ceux qui vivent et cultivent dans les terres voisines. De Villaputzu venait Efisio Melis, né en 1890 et mort à Cagliari en 1970, l'un des grands joueurs de launeddas : au village ses admirateurs s'opposaient à ceux d'un autre joueur de talent, Antonio Lara.