Sobre el nombre de Seneghe se ha discutido de verdad. El arqueólogo Giovanni Spano lo hizo venir del fenicio scin, diente, por la cresta dentada de la montaña que domina el pueblo, y llegó a traer a colación el monte Sinaí como comparación. El párroco del lugar no lo aceptó: monseñor Giovanni Antonio Deriu, que tuvo la parroquia de 1885 a 1927, escribió a mano una monografía para demostrar lo contrario. La raíz sen, observó, está también en Senis, Senorbì, Sennori, y allí no hay nada dentado; mientras que en el habla de aquí s'ena, o bena, significa vena o franja de tierra fértil — y lo dicen los nombres de los campos que la gente usa todavía: S'ena 'e Bobboi, Benalonga, S'ena 'e su pirastru. El nombre del pueblo sería entonces la tierra buena en lo alto. La grafía se fijó en Seneghe solo a partir de mediados del siglo diecinueve: antes se escribía Senege, Sehenes, Senecae, y para los españoles Senegui.
Con un nombre y con personas el pueblo aparece el veinticuatro de enero de 1388, en el acta de paz entre Leonor de Arborea y el rey Juan de Aragón: entre los firmantes se nombran ocho representantes de Seneghe, y el primero es el maggiore Troisco Manca. Antes había habido todo lo demás, y en cantidad. En el territorio se cuentan al menos cien protonuraghes, nuraghes y complejos de varias torres, y la fuente advierte que la cifra está redondeada a la baja; un tramo de calzada fenicia empedrada subía de Cornus hacia los montes, y en Sa Funtana Fraigada mana todavía la fuente termal que aprovechaban los romanos. En 1692 una peste mató a más de quinientos habitantes: cuando cesó, el pueblo eligió a san Sebastián como copatrón por gratitud, pero no cambió el título de la iglesia, que siguió siendo de la Inmaculada.