Sul nome di Seneghe si è litigato per davvero. L'archeologo Giovanni Spano lo fece venire dal fenicio scin, dente, per la cresta dentellata della montagna che sovrasta l'abitato, e come paragone tirò in ballo perfino il monte Sinai. Il parroco del posto non ci stette: monsignor Giovanni Antonio Deriu, che tenne la parrocchia dal 1885 al 1927, scrisse a mano una monografia per dimostrare il contrario. La radice sen, osservò, sta anche in Senis, Senorbì, Sennori, e lì non c'è nulla di dentellato; mentre nella parlata di qui s'ena, o bena, significa vena o striscia di terra fertile — e a dirlo sono i nomi dei campi che la gente usa ancora: S'ena 'e Bobboi, Benalonga, S'ena 'e su pirastru. Il nome del paese sarebbe dunque la terra buona in alto. La grafia si è fissata in Seneghe solo dalla metà dell'Ottocento: prima si scriveva Senege, Sehenes, Senecae, e per gli spagnoli Senegui.
Con un nome e delle persone il paese compare il ventiquattro gennaio del 1388, nell'atto di pace fra Eleonora d'Arborea e il re Giovanni d'Aragona: fra i sottoscrittori sono nominati otto rappresentanti di Seneghe, e il primo è il maggiore Troisco Manca. Prima c'era stato tutto il resto, e in quantità. Nel territorio si contano almeno cento fra protonuraghi, nuraghi e complessi a più torri, e la fonte avverte che è una cifra arrotondata per difetto; un tratto di strada selciata fenicia saliva da Cornus verso i monti, e a Sa Funtana Fraigada sgorga ancora la fonte termale che sfruttavano i romani. Nel 1692 una pestilenza uccise oltre cinquecento abitanti: quando finì, il paese scelse san Sebastiano come compatrono per gratitudine, ma non cambiò il titolo della chiesa, che è rimasta dell'Immacolata.