Dans le Sulcis il existe des mots pour dire comment naît un village, et Masainas les a tous traversés: d'abord ce fut un medau, c'est-à-dire une ferme isolée, puis un boddeu, c'est-à-dire un ensemble de fermes, et il se développa autour de sa petite église vers la fin du dix-huitième siècle; dans les campagnes restent les furriadroxius, les anciennes fermes dispersées. Mais le territoire était habité bien avant. Dans la zone d'Is Solinas il y a des installations néolithiques, puis vinrent les nuraghes — on en compte plus de dix, dont le complexe d'Is Fais, qui a quatre tours disposées en croix — puis les infiltrations phénico-puniques et, entre le troisième et le deuxième siècle avant Jésus-Christ, les Romains, arrivés dans l'intérieur après la conquête de Solki, l'actuelle Sant'Antioco. De cette période restent des choses curieuses: entre Masainas et Giba les restes de ce qui semble une fabrique d'ustensiles en terre cuite, et surtout des sarcophages de pierre d'époque romaine sortis par hasard, dont la particularité est que ces sépultures furent faites dans un terrain sableux, et sont pour cela uniques en Sardaigne.
Vers le treizième siècle des moines bénédictins vinrent prêcher ici et bâtirent des couvents, les guventus, et c'est à eux que renvoie encore le nom d'une zone du territoire communal, Su Guventu. Le seul monument notable est l'église de San Giovanni Battista, et sur son âge il n'y a pas d'accord: l'influence gothico-aragonaise la placerait au seizième ou au dix-septième siècle, mais quelques savants parlent carrément de l'an mil ou un peu plus tard, et dans ce cas il s'agirait de roman tardif. En 1839 Masainas était le centre le plus important de la zone, avec quatre cent quarante-sept familles et mille huit cent six habitants — c'est-à-dire plus de monde qu'elle n'en a aujourd'hui — et suivait le sort du marquisat de Palmas. Depuis les hauteurs le territoire descend doucement jusqu'à la mer de Porto Botte, avec un littoral de dunes de sable blanc et de genévriers épais: en 1989 la Région en a inclus une partie dans le plan des parcs naturels. Depuis 2003, chaque avril, se tient la fête de l'artichaut.