En el Sulcis existen las palabras para decir cómo nace un pueblo, y Masainas las ha atravesado todas: primero fue un medau, es decir un caserío aislado, luego un boddeu, es decir un conjunto de caseríos, y se desarrolló alrededor de su iglesita hacia finales del setecientos; en los campos quedan los furriadroxius, los antiguos casales dispersos. Pero el territorio estaba habitado desde mucho antes. En la zona de Is Solinas hay asentamientos del neolítico, luego vinieron los nuraghi — se cuentan más de diez, entre ellos el complejo de Is Fais, que tiene cuatro torres dispuestas en cruz — luego las infiltraciones fenicio-púnicas y, entre el siglo tercero y el segundo antes de Cristo, los romanos, llegados al interior tras la conquista de Solki, la actual Sant'Antioco. De aquel periodo quedan cosas curiosas: entre Masainas y Giba los restos de lo que parece una fábrica de utensilios de terracota, y sobre todo unos sarcófagos de piedra de época romana salidos por casualidad, cuya particularidad es que aquellas sepulturas se hicieron en terreno arenoso, y por eso son únicas en Cerdeña.
Hacia el siglo trece los monjes benedictinos vinieron a predicar aquí y construyeron conventos, los guventus, y a ellos se refiere todavía el nombre de una zona del territorio municipal, Su Guventu. El único monumento de relieve es la iglesia de San Giovanni Battista, y sobre su edad no hay acuerdo: el influjo gótico-aragonés la llevaría al quinientos o al seiscientos, pero algún estudioso habla incluso del año mil o poco más tarde, y en ese caso se trataría de románico tardío. En 1839 Masainas era el centro más grande de la zona, con cuatrocientas cuarenta y siete familias y mil ochocientos seis habitantes — es decir, más gente de la que tiene hoy — y seguía la suerte del marquesado de Palmas. Desde las alturas el territorio baja suavemente hasta el mar de Porto Botte, con un litoral de dunas de arena blanca y espesos enebros: en 1989 la Región incluyó una parte en el plan de los parques naturales. Desde 2003, cada abril, se celebra la fiesta de la alcachofa.