Nel Sulcis esistono le parole per dire come nasce un paese, e Masainas le ha attraversate tutte: prima fu un medau, cioè un casale isolato, poi un boddeu, cioè un insieme di casali, e si sviluppò attorno alla sua chiesetta verso la fine del Settecento; nelle campagne restano i furriadroxius, gli antichi casolari sparsi. Il territorio però era abitato da molto prima. Nella zona di Is Solinas ci sono insediamenti del neolitico, poi vennero i nuraghi — se ne contano più di dieci, fra cui il complesso di Is Fais, che ha quattro torri disposte a croce — poi le infiltrazioni fenicio-puniche e, fra il terzo e il secondo secolo avanti Cristo, i romani, arrivati nell'entroterra dopo la conquista di Solki, l'odierna Sant'Antioco. Di quel periodo restano cose curiose: fra Masainas e Giba i resti di quella che sembra una fabbrica di utensili di terracotta, e soprattutto dei sarcofaghi di pietra di età romana venuti fuori per caso, la cui particolarità è che quelle sepolture furono fatte nel terreno sabbioso, e per questo sono uniche in Sardegna.
Intorno al Duecento i monaci benedettini vennero a predicare qui e costruirono dei conventi, i guventus, e a quelli si riferisce ancora il nome di una zona del territorio comunale, Su Guventu. L'unico monumento di rilievo è la chiesa di San Giovanni Battista, e sulla sua età non c'è accordo: l'influsso gotico-aragonese la porterebbe al Cinquecento o al Seicento, ma qualche studioso parla addirittura dell'anno Mille o poco più tardi, e in quel caso si tratterebbe di tardo romanico. Nel 1839 Masainas era il centro più grosso della zona, con quattrocentoquarantasette famiglie e milleottocentosei abitanti — cioè più gente di quanta ne abbia oggi — e seguiva le sorti del marchesato di Palmas. Dalle alture il territorio scende dolcemente fino al mare di Porto Botte, con un litorale di dune di sabbia bianca e fitti ginepri: nel 1989 la Regione ne ha incluso una parte nel piano dei parchi naturali. Dal 2003, ogni aprile, si fa la sagra del carciofo.