A Santa Sofia, dice la leggenda, gli antichi provarono a fondare Pavia: quello che costruivano di giorno lo ritrovavano distrutto il giorno dopo, e alla fine rinunciarono. Il luogo, un terrazzo che domina il Ticino da venti metri, servì poi da porto militare a difesa della città, e negli anni 773 e 774 ci si accampò Carlo Magno mentre assediava Pavia: la tradizione vuole che la cappella di Santa Sofia sia stata eretta dalle mani stesse del re franco e dei suoi paladini. Ricostruita alla fine del Cinquecento, alla fine degli anni Cinquanta rischiò di finire nel fiume perché l'erosione le stava mangiando le fondamenta; restaurata negli anni Novanta, oggi ci si fanno mostre e matrimoni.
Il nome del comune parla invece di una torre e di un'isola: compare come Ynsula nel XII secolo e come Turris Insulae nel Quattrocento, e un atto del 1456 nomina una torre dentro un'azienda agricola del monastero di San Lanfranco — forse proprio quella. «Isola» qui vuol dire terra fra due acque, e il Ticino è a un passo. Dal Quattrocento il paese fu dei Botta, poi Botta Adorno, gli stessi che tenevano Lungavilla: fecero importanti opere irrigue e costruirono nel Settecento la villa che per molto tempo fu l'unico edificio abitato di Torre d'Isola, con la sua chiesetta di Santa Maria della Neve, consacrata nel 1706. Il comune di oggi è cresciuto per aggregazioni: Santa Sofia nel 1841, San Varese e Cassine Tolentine nel 1871.
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