Patroni di Saronno sono i santi Pietro e Paolo, festeggiati il 29 giugno. La chiesa prepositurale, o duomo di Saronno, situata in piazza Libertà, fu costruita nel 1783 in sostituzione della preesistente chiesa di Santa Maria, allora demolita: fin da quell'anno custodisce un crocifisso che viene portato in processione ogni anno in occasione della festa del Trasporto. Il campanile, alto 43 metri, possiede un concerto di otto campane in Sib2 calante, ed è annesso alla chiesa più grande di Saronno.
Fra gli altri luoghi di culto cittadini si distingue il santuario della Beata Vergine dei Miracoli, di notevole interesse artistico: il 10 marzo 1505 i deputati del santuario incaricarono il grande architetto Giovanni Antonio Amadeo di progettarne il tiburio, mentre il campanile, eretto fra il 1511 e il 1516 da Paolo della Porta da Osteno, raggiunge un'altezza di 47 metri. All'interno del santuario si può ammirare un ciclo di affreschi di Gaudenzio Ferrari, oltre alle opere pittoriche di Bernardino Luini, che vi lavorò in due periodi distinti, nel 1525 e nel 1531, dall'abside fino alla cancellata.
