Questo paese ha cambiato nome perché glielo ha mangiato il suo castello. Il primo toponimo compare in un atto di vendita del 958, conservato nell'abbazia di Cava de' Tirreni, che parla di un terreno in locum ziziro; la radice Ziz è araba e vuol dire splendido, ameno — la stessa che sta nella Zisa di Palermo — e riporta al tempo dell'emirato di Bari, quando i saraceni tenevano il capoluogo e una ventina abbondante di piazzeforti tutt'intorno. Nel 1077 il posto si chiama ancora Siziro. Poi arrivano i normanni, alla fine dell'undicesimo secolo: trovano i resti di una struttura castellare più antica — un quadrilatero con quattro torri rotonde agli angoli, e nessuno sa dire chi l'avesse costruita — la rialzano riusandone le pietre, e Umfredo e Guglielmo d'Altavilla la battezzano San Nicandro, come usavano fare, perché venivano da San Nicandro di Sicignano degli Alburni. Il nome era del maniero, non del paese; ma nei documenti vescovili del 1172 Siziro non compare più, e c'è scritto soltanto San Nicandro. Il castello si era preso anche il borgo. L'aggiunta «di Bari» è invece del 1863.
Di quel castello si sa molto perché lo raccontano le carte. Nel 1119 Emma d'Altavilla, che stava a Santa Severina, donò le decime del feudo all'abate di Montescaglioso a una condizione: che mandasse un cappellano a dire messa nella cappella di San Nicola costruita da poco dentro le mura. Un documento del 1146 descrive il sito com'era: il castello ha ormai otto torri, cortina quadrilatera irregolare e fossato, la cappella all'interno, e il borgo che gli sta tutto intorno. All'inizio del Duecento viene ampliato ancora, con un palazzo nuovo, scuderie, magazzini, un altro fossato e nuovi portali, perché il feudo era ricco di grano e di bestiame e stava sulla strada più breve fra Bari e Matera: il castello diventò una grangia, cioè un magazzino che riforniva i crociati d'Oltremare. Finita l'epopea, il primo novembre 1304 re Carlo II lo donò per intero alla basilica di San Nicola di Bari. Negli scavi sono venute fuori monete bizantine e un tarì d'oro con la legenda in caratteri cufici. Qui è nato il filosofo Domenico Losurdo.