La patrona di Custonaci è la Madonna di Custonaci, festeggiata l'ultimo mercoledì di agosto. Il santuario di Maria Santissima, costruito intorno al 1500 attorno a cui nei secoli si sono concentrati gli insediamenti di agricoltori che hanno dato vita alla cittadina, custodisce una tavola a olio del XV secolo, opera della scuola di Antonello da Messina, raffigurante la Vergine che allatta il Bambino: secondo la tradizione, l'immagine fu donata da una nave francese che, scampata a una tempesta dopo aver invocato la Madonna, si rifugiò nel golfo di Cornino. L'effigie fu solennemente incoronata nel 1752.
Il 26 agosto 2009, dopo ben 73 anni, il dipinto fu portato nuovamente in processione fra la commossa partecipazione popolare. La festa comprende oggi le celebrazioni liturgiche, la rievocazione dello storico sbarco della Madonna e la processione del simulacro per le vie del paese, fra bande musicali, luminarie e fuochi d'artificio; nel territorio comunale si trova anche la Grotta Mangiapane, dove ogni Natale si allestisce un celebre presepe vivente.
