La patronne de Custonaci est la Madone de Custonaci, fêtée le dernier mercredi d'août. Le sanctuaire de Maria Santissima, construit vers 1500 et autour duquel se sont regroupés au fil des siècles les établissements agricoles qui donnèrent naissance à la ville, conserve un panneau à l'huile du XVe siècle, œuvre de l'école d'Antonello da Messina, représentant la Vierge allaitant l'Enfant : la tradition veut que l'image fût offerte par un navire français qui, échappé à une tempête après avoir invoqué la Madone, se réfugia dans le golfe de Cornino. L'effigie fut solennellement couronnée en 1752.
Le 26 août 2009, après pas moins de 73 ans, le tableau fut de nouveau porté en procession dans une atmosphère de vive participation populaire. La fête comprend aujourd'hui les célébrations liturgiques, la reconstitution du débarquement historique de la Madone et la procession de la statue dans les rues du bourg, parmi fanfares, illuminations et feux d'artifice ; sur le territoire communal se trouve aussi la Grotta Mangiapane, où une célèbre crèche vivante est installée chaque Noël.