Castello e villaggio compaiono per la prima volta nel 1223, in una lite fra il patriarca di Aquileia e l'abate di Sesto al Reghena su chi avesse giurisdizione qui. Vinse il patriarca, e la sentenza si tradusse in un contratto: agli abitanti fu imposto di provvedere alla difesa del territorio e del castello, e in cambio fu concesso loro di vendere vino e pane nella taverna dentro le mura. Meduna era un feudo di abitanza, il che vuol dire che chi lo amministrava era obbligato a stare al castello, non a mandarci un vicario; la prima famiglia a farlo si chiamava, non per caso, Meduna. Con l'arrivo di Venezia il feudo passò a un ramo dei patrizi Michiel, che per questo furono soprannominati «dalla Meduna»: del castello restarono locali di servizio, e il centro del paese divenne palazzo Michiel — oggi il municipio — dove stavano la cancelleria, il tribunale e le milizie.
Meduna è Friuli per storia e per geografia, e lo è stata anche politicamente fino all'età napoleonica; è l'unico comune della provincia di Treviso che stia tutto sulla sinistra della Livenza, e le sue chiese dipesero dal patriarca, poi dall'arcivescovo di Udine, fino al 1923. Nel 1881 qualcuno propose di sopprimere il comune e di aggregarlo a Motta di Livenza: a fermare il tentativo fu una vivace protesta popolare organizzata da un certo Giorgio Prosdocimo, e per diversi anni il paese se lo ricordò con una festa. Forse è di quel giorno il motto «Meduna la boje», Meduna ribolle, che dice il temperamento della sua gente. La parrocchiale di San Giovanni Battista, consacrata nel 1545, sorge proprio dove stava il castello, ed è di mattoni, con la facciata a capanna e il campanile a guglia; dentro conserva due opere attribuite a Jacopo Tintoretto, commissionate dai Michiel.