Bajo los campos de Frattesina hay uno de los yacimientos protohistóricos más importantes de Europa. Los primeros hallazgos salieron en los años sesenta, luego llegaron once campañas de excavación dirigidas por Anna Maria Bietti Sestieri en la finca Gabriele-Casari; y en los años dos mil, durante las obras de reordenación hidráulica de una cuenca, en el paraje de Narde apareció una vasta necrópolis de los siglos undécimo a noveno antes de Cristo. Lo que salió de la tierra se ve en el museo arqueológico nacional, y el museo está en las barchesse de la Villa Badoer: así la edad del bronce se conserva en los edificios rústicos de una villa de Andrea Palladio, construida en 1570 y hoy patrimonio de la humanidad. La primera noticia escrita del lugar es de 1054, cuando el obispo de Adria, Benedetto I, obtuvo el feudo que comprendía este territorio, entonces llamado Villa Comedati; los obispos construyeron aquí un castillo, y alrededor de aquel castillo obispos, veroneses y Este se combatieron ferozmente, destruyéndolo y rehaciéndolo, hasta que pasó a los Pepoli y sus últimas piedras desaparecieron a comienzos del siglo diecinueve. Bajo Venecia, Fratta se convirtió en lugar de veraneo para los nobles venecianos, y por eso un pueblo de este tamaño tiene tantas villas.
Fratta ha sido escenario de dos muertes políticas con un siglo de distancia, y las ha guardado las dos. En 1818 ocurrió la tragedia de los Carbonari della Fratta, primer ejemplo de represión austriaca de las aspiraciones a la libertad y a la emancipación nacional; y cuando el Véneto fue por fin libre, el monumento que en 1867 les dedicó el escultor veronés Grazioso Spazzi fue el primero de su clase en el Véneto liberado. Ese mismo año el pueblo añadió a su nombre el Polesine, para distinguirse de las otras Fratta. En 1885 nació aquí Giacomo Matteotti; el diez de junio de 1924 los fascistas lo mataron por haber denunciado los fraudes electorales de Mussolini, y tras un solemne funeral público celebrado en la iglesia parroquial fue enterrado en el cementerio del pueblo, donde sigue. En diciembre de 2017 la casa donde había nacido, convertida en museo, fue reconocida monumento nacional.