Sotto i campi di Frattesina c'è uno dei più importanti siti protostorici d'Europa. I primi ritrovamenti vennero fuori negli anni sessanta, poi arrivarono undici campagne di scavo dirette da Anna Maria Bietti Sestieri sul fondo Gabriele-Casari; e negli anni duemila, durante i lavori per il riordino idraulico di un bacino, in località Narde è comparsa una vasta necropoli dell'undicesimo-nono secolo avanti Cristo. Quello che è uscito dalla terra si vede nel museo archeologico nazionale, e il museo sta nelle barchesse di Villa Badoer: così l'età del bronzo è conservata negli edifici rustici di una villa di Andrea Palladio, costruita nel 1570 e oggi patrimonio dell'umanità. La prima notizia scritta del posto è del 1054, quando il vescovo di Adria Benedetto I ottenne il feudo che comprendeva questo territorio, allora chiamato Villa Comedati; i vescovi ci costruirono un castello, e intorno a quel castello vescovi, veronesi ed estensi si combatterono ferocemente, distruggendolo e rifacendolo, finché passò ai Pepoli e le ultime pietre sparirono al principio dell'Ottocento. Sotto Venezia, Fratta divenne un posto di villeggiatura per i nobili veneziani, ed è per questo che un paese di questa misura ha così tante ville.
Fratta è stata il luogo di due morti politiche a un secolo di distanza, e le ha tenute tutte e due. Nel 1818 ci fu la tragedia dei Carbonari della Fratta, primo esempio di repressione austriaca delle aspirazioni alla libertà e all'emancipazione nazionale; e quando il Veneto fu finalmente libero, il monumento che nel 1867 lo scultore veronese Grazioso Spazzi dedicò loro fu il primo del genere nel Veneto liberato. Quello stesso anno il paese aggiunse al nome il Polesine, per distinguersi dalle altre Fratta. Nel 1885 nacque qui Giacomo Matteotti; il dieci giugno 1924 i fascisti lo uccisero per aver denunciato i brogli elettorali di Mussolini, e dopo un solenne funerale pubblico celebrato nella chiesa parrocchiale fu sepolto nel cimitero del paese, dove sta ancora. Nel dicembre del 2017 la casa dov'era nato, diventata museo, è stata riconosciuta monumento nazionale.