Le nom vient du nom de personne latin Apponius avec le suffixe -anus, tandis que «Lario» est la dénomination savante du lac de Côme. Pognana et la voisine Quarzano figurent déjà sur la carte du duché de Milan peinte dans la Galerie des cartes géographiques des palais du Vatican, où elles sont écrites Pognano et Quarāntano. Le périmètre de la commune, comme souvent en Lombardie, n'est pas resté en place: en 1807 un décret napoléonien lui annexa Lemna et Palanzo, et le village passa d'un peu plus de quatre cents habitants à neuf cent quatre-vingt-seize en 1809; la Restauration annula tout et les chiffres d'avant revinrent.
Les armoiries, accordées au vingtième siècle, disent trois choses très concrètes: le soleil pour le bon climat, le lac en bas, et un coq, qui est là pour les élevages de poules répandus dans la commune. À Rovasco l'église San Miro a changé trois fois de titulaire: elle fut aux saints Nazaire et Celse, puis à l'Immaculée, et prit son nom actuel quand on y transporta l'autel de saint Miro depuis une église située plus bas, désacralisée au dix-huitième siècle. Au-dessus du bourg, le Buco di Premen est une fissure dans la roche qui relie le chemin muletier à la Valassina.
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