Le saint patron de Valtopina est saint Bernardin, fêté le 20 mai. Dès la seconde moitié du XVe siècle, probablement dans le but de garantir une autonomie économique aux habitants de la vallée, fut instituée la foire de San Bernardino, qui se tenait au confluent du fleuve Topino et du Fosso dell'Anna, à proximité duquel avait aussi été édifiée l'église San Pietro de Cerqua. Cerqua devint le nom du village né à cheval sur la via Flaminia, correspondant à l'actuel bourg de Valtopina : ce toponyme, présent jusqu'au siècle dernier dans la cartographie officielle, est encore utilisé par ses habitants.
Bien qu'une présence significative d'établissements préromains ait été repérée sur les hauteurs entourant le chef-lieu, l'histoire de la vallée du Topino peut être considérée comme ayant débuté avec la construction de la via Flaminia au IIIe siècle av. J.-C., dont subsistent encore d'intéressants vestiges ; l'important nœud de communication du fond de vallée favorisa l'installation dans les zones collinaires environnantes, comme en témoignent les vestiges d'une villa rustique romaine. Jusqu'au XIXe siècle, la majeure partie de la population résidait dans les anciens bourgs collinaires et le château du Poggio conservait sa fonction de siège administratif ; ce n'est qu'avec la construction de la ligne ferroviaire Rome-Ancône et le déplacement progressif des activités économiques vers le fond de vallée que le siège municipal fut transféré en 1867 à la Villa della Cerqua, appelée par la suite Valtopina.
