Il patrono di Valtopina è san Bernardino, festeggiato il 20 maggio. Dalla seconda metà del Quattrocento, con il probabile scopo di garantire un'autonomia economica ai valligiani, fu istituita la fiera di San Bernardino, che si svolgeva alla confluenza del fiume Topino con il Fosso dell'Anna, nelle cui vicinanze era stata edificata anche la chiesa di San Pietro de Cerqua. Cerqua divenne il nome del villaggio sorto a cavallo della via Flaminia, corrispondente all'attuale Borgo di Valtopina: il toponimo, presente fino al secolo scorso nella cartografia ufficiale, è tuttora usato dagli abitanti.
Sebbene sia stata individuata una significativa presenza di insediamenti preromani sulle alture che circondano il capoluogo, la storia della valle del Topino può dirsi iniziata con la costruzione della via Flaminia nel III secolo a.C., di cui restano ancora interessanti reperti; l'importante nodo di comunicazione a fondovalle favorì l'insediamento nelle zone collinari circostanti, come testimoniano i resti di una villa rustica romana. Fino all'Ottocento la maggior parte della popolazione risiedeva negli antichi borghi collinari e il castello del Poggio manteneva la funzione di sede amministrativa; solo con la costruzione della ferrovia Roma-Ancona e il progressivo spostamento delle attività economiche a fondovalle, nel 1867 la sede municipale fu trasferita alla Villa della Cerqua, in seguito chiamata Valtopina.
