Il paese sta a 630 metri, aggrappato ai pendii della valle del torrente Casale, e da lassù si vedono le isole Eolie. La sua costa, però, è la parte più singolare: dieci chilometri di litorale che chiamano la bocca del vento, perché per come è fatto il territorio è proprio lì che il vento si incanala dentro l'istmo. Su quel vento è stato costruito uno dei parchi eolici più grandi d'Italia, e sempre grazie a quel vento Gizzeria è diventata uno dei posti migliori del Mediterraneo per il kitesurf: ogni anno ospita una tappa del campionato europeo, e nel 2015 ha ospitato una tappa di quello mondiale. Il nome viene dalla città greca Issaros, e secondo alcuni studiosi le radici del paese stanno in una colonia greca chiamata Izzario, poi assorbita dal monastero basiliano di San Nicola e latinizzata nell'undicesimo secolo dai benedettini di Sant'Eufemia; in epoca normanna, col nome di Yussaria, fu un castrum di Roberto il Guiscardo.
La fondazione riconosciuta dell'abitato è invece del 1450 circa, e furono probabilmente coloni albanesi, arbëreshë, sfuggiti alla distruzione turca e arrivati qui in più ondate. Il paese fu però presto assegnato al feudo di Santa Eufemia, governato dai cavalieri di Malta, che ne fecero una latinizzazione: gli abitanti abbandonarono la lingua albanese e il rito ortodosso, e oggi di quelle tradizioni non resta quasi nulla — mentre nello stemma comunale, accanto a san Giovanni Battista, c'è ancora una croce di Malta. Dopo l'abolizione della feudalità crebbe una borghesia locale che chiamavano i galantomini, e molti paesani parteciparono ai moti liberali: fra loro Alessandro Toja, che fu uno dei Mille. Verso la fine dell'Ottocento la povertà e l'aumento della popolazione fecero cominciare una forte emigrazione, che non si è mai fermata: alcuni degli emigrati italiani morti nel disastro minerario di Monongah, il più grave della storia degli Stati Uniti, avvenuto il 6 dicembre 1907, venivano da Gizzeria.