Il nome viene da un lebbrosario. Nel Medioevo, tre miglia fuori Bologna, in una campagna che si chiamava Ronco Maruni, fu costruito un lazzaretto — la via Emilia era una strada battutissima, e le strade battute portavano le epidemie —: un documento lo dà già in funzione nel 1214. Attorno a quell'ospedale è nato il paese, che prese il nome del suo patrono, san Lazzaro il mendicante lebbroso, e divenne prima San Lazzaro di Roncomaruno e poi soltanto San Lazzaro. C'è un dettaglio che vale tutto il resto: il rettore che amministrava l'ospedale lo nominavano gli infermi stessi, dandogli il potere di rappresentarli e di gestire i loro beni. Il secondo pezzo del nome è il fiume: Savena, dall'etrusco, vuol dire vena d'acqua.
Nello stemma c'è il ponte delle Sirene, che divideva San Lazzaro dal territorio pontificio accanto, la campagna in verde e il motto Libertas — che non è un vanto ma un ricordo: il comune nacque a inizio Ottocento, fu subito soppresso e rimesso dentro Bologna, e riuscì a riprendersi l'autonomia solo nel 1827, con un motu proprio del papa. Sempre nell'Ottocento il conte Gozzadini portò alla luce qui una necropoli pre-etrusca: insieme alla vicina Villanova, San Lazzaro è stato uno dei primi testimoni della civiltà villanoviana. Sotto le colline, intanto, c'è un mondo: circa duecento grotte scavate nel gesso, la grotta della Spipola con la sua dolina, il Farneto e la Croara, e un complesso carsico che si sviluppa per oltre undici chilometri — il maggiore dell'Europa occidentale, oggi patrimonio dell'umanità e protetto dal parco dei Gessi. Al Farneto si festeggia ancora la Madonna della Cintura per grazia ricevuta: durante il colera dell'Ottocento, in quella frazione, non morì nessuno.