Le nom vient d'une léproserie. Au Moyen Âge, à trois milles de Bologne, dans une campagne qui s'appelait Ronco Maruni, on bâtit un lazaret — la via Emilia était une route très fréquentée, et les routes fréquentées portaient les épidémies — et un document le donne déjà en activité en 1214. Autour de cet hôpital est né le bourg, qui prit le nom de son patron, saint Lazare le mendiant lépreux, et devint d'abord San Lazzaro di Roncomaruno puis simplement San Lazzaro. Il y a un détail qui vaut tout le reste : le recteur qui administrait l'hôpital, ce sont les malades eux-mêmes qui le nommaient, en lui donnant le pouvoir de les représenter et de gérer leurs biens. Le second morceau du nom, c'est la rivière : Savena, de l'étrusque, veut dire veine d'eau.
Dans les armes il y a le pont des Sirènes, qui séparait San Lazzaro du territoire pontifical voisin, la campagne en vert et la devise Libertas — non pas une vantardise mais un souvenir : la commune naquit au début du dix-neuvième siècle, fut aussitôt supprimée et remise dans Bologne, et ne reprit son autonomie qu'en 1827, par un motu proprio du pape. Au dix-neuvième siècle encore, le comte Gozzadini mit au jour ici une nécropole pré-étrusque : avec la voisine Villanova, San Lazzaro fut l'un des premiers témoins de la civilisation villanovienne. Sous les collines, pendant ce temps, il y a un monde : environ deux cents grottes creusées dans le gypse, la grotte de la Spipola avec sa doline, le Farneto et la Croara, et un complexe karstique qui se développe sur plus de onze kilomètres — le plus grand d'Europe occidentale, aujourd'hui patrimoine mondial et protégé par le parc des Gessi. À Farneto on fête encore la Madonna della Cintura en action de grâces : pendant le choléra du dix-neuvième siècle, dans ce hameau, personne ne mourut.