Il patrono di Comacchio è san Cassiano, la cui festa patronale, il 13 agosto, è uno degli appuntamenti più sentiti e attesi dalla comunità locale, che celebra così il legame profondo fra il santo e la città: nel giorno della sua memoria si tiene la regata storica con le imbarcazioni tradizionali.
Anche le parrocchiali patronali delle frazioni di San Giuseppe in Bosco Eliceo, risalente al XVIII secolo, e di Porto Garibaldi, dedicata all'Immacolata Concezione e risalente al XIX secolo, appartengono al vicariato di San Cassiano nell'arcidiocesi di Ferrara-Comacchio. Dal 1999 la città ospita anche la Sagra dell'Anguilla, mentre dal 2006 si tiene annualmente la Fiera Internazionale del birdwatching, legata alle Valli di Comacchio.
