Il nome viene probabilmente dal latino querciulinus, la piccola quercia, ma lo stemma gioca su un'altra strada: mostra tre cercini stilizzati, cioè i rotoli di stoffa che si mettevano in testa per portare i pesi. Nelle carte il paese è Zerzuno, poi Cerzuno, almeno fino al Trecento; già nell'822 un documento dice che queste terre erano dei monaci di Sant'Ambrogio a Milano, e nel 1415 Cercino si staccò dalla pieve di Sorico per farsi parrocchia da sé.
Poi arrivò la guerra dei Trent'anni. Nel 1624 il paese aveva quattrocentottantacinque abitanti; l'anno dopo, nella piana sotto l'abitato, si scontrarono le truppe imperiali di Pappenheim e quelle francesi e albanesi-croate del colonnello Milander, e con l'alloggio forzato dei lanzichenecchi, fra il 1629 e il 1630, arrivò la peste, che tornò pochi anni dopo e ridusse la popolazione quasi alla metà. Nel 1637 i consoli di Cercino e dei paesi vicini furono impiegati a costruire, mantenere e poi distruggere il forte di Mantello. A rimettere in piedi il paese fu la vite: nel 1797 gli abitanti erano seicentotrentasei.
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