Il patrono di Sant'Elia a Pianisi è sant'Elia Profeta, festeggiato il 20 luglio; lo stemma comunale lo raffigura in piedi su un carro di legno, con in mano una sciarpa bianca, in campo d'oro.
Il paese trae origine dalla fusione di due borghi, Sant'Elia e Pianisi, in seguito alla distruzione del castello medievale di Pianisi, avvenuta nel 1528; già nel tardo medioevo, nel XV secolo, una catastrofe naturale aveva costretto gli abitanti del borgo superiore di Pianisi a trasferirsi nel territorio sottostante dell'abbazia, che fu allora rinominato Sant'Elia a Pianisi. Il paese fu feudo di numerose famiglie napoletane e, dai primi anni del Seicento, della famiglia di Palma Artois.
Nel convento dei frati cappuccini di Sant'Elia a Pianisi emergono due figure di santità: il servo di Dio padre Raffaele da Sant'Elia a Pianisi, morto il 6 gennaio 1901 e la cui causa di beatificazione è tuttora in corso in Vaticano, e san Pio da Pietrelcina, che vi visse per quasi quattro anni da giovane frate, il periodo più lungo trascorso in qualunque convento dopo San Giovanni Rotondo: fu proprio a Sant'Elia a Pianisi che compì la sua professione perpetua, diventando frate a tutti gli effetti.
