Fino al Settecento tutta questa terra si chiamava Rodogallo, nome greco che significa «luogo delle rose belle», e più tardi si distinse in Rodogallo magno e Rodogallo parvo. I monaci basiliani ci sono stati a lungo, e a loro si devono l'abbazia di San Mauro e la chiesa di San Salvatore. Il paese di oggi, invece, è nato nel 1715 intorno alla chiesa di San Nicola, di origine basiliana e ricostruita nel 1640 da Domenico Musurù: furono contadini poveri, autorizzati dai grandi proprietari terrieri, a tirare su qualche casa sparsa in cambio della custodia e della coltivazione del terreno. Nel corso del secolo Rodogallo prese il nome del santo titolare della chiesa e diventò San Nicola, poi Villa San Nicola per quasi tutto l'Ottocento; e quando finalmente arrivò il comune, il nome era diventato Sannicola, tutto attaccato, per un errore.
L'autonomia gli abitanti l'avevano chiesta nel 1830, perché da Gallipoli, di cui erano una frazione, li separava troppa strada. La domanda fu respinta, mentre l'altra frazione gallipolina, Villa Picciotti — oggi Alezio — il suo comune lo ottenne già nel 1854. Ci vollero altre due istanze, nel 1899 e nel 1905, e la legge del 5 aprile 1908. Ma quando si trattò di tracciare i confini, gli amministratori di Gallipoli pretesero che una fascia sottilissima di costa restasse fuori dal comune nuovo: perdere il dazio sul pescato di quel tratto di mare sarebbe costato troppo. Così Sannicola comprende gran parte di Lido Conchiglie e non ha uno sbocco diretto sul mare. Del passato bizantino restano la chiesetta di San Mauro, in conci di tufo squadrati, a tre navate e interamente affrescata, e San Salvatore, nominata la prima volta nel 1310: oggi è inglobata nei ruderi di una masseria dell'Ottocento, usata come deposito e come discarica e saccheggiata delle sue pietre.