Il patrono di San Giovanni la Punta è san Giovanni evangelista, festeggiato il 27 dicembre e la prima domenica di settembre, giorno della festività liturgica. La festa ha inizio la mattina in piazza Lucia Mangano, quando il fercolo del santo viene portato sull'altare centrale del duomo; la sera, dopo le sante messe, il fercolo esce per le vie cittadine accompagnato dai tradizionali fuochi artificiali.
La chiesa madre di San Giovanni Battista, elevata a santuario arcidiocesano nel 2002, fu costruita sicuramente prima del 1600, data a partire dalla quale iniziano le fonti che ne attestano l'esistenza. Compatrona della città è la Madonna dell'Idria, venerata nella chiesa meglio nota come «San Sebastiano», costruita intorno al 1830 e custode di una tela seicentesca raffigurante la Santa Maria dell'Idria e di due tele dedicate a san Sebastiano, di recente restaurate. Fra le altre tradizioni religiose cittadine figurano la festa di Santa Rita da Cascia, celebrata il 22 maggio nel duomo dove è conservata una reliquia della santa, e quella della Madonna delle Grazie, il 2 luglio, una delle più antiche del paese.
