Il patrono di San Giovanni Valdarno è san Giovanni Battista, festeggiato il 24 giugno nella Pieve di San Giovanni Battista.
Nel 1486 papa Innocenzo VIII concesse indulgenze ai fedeli che si recavano al santuario nella domenica successiva alla festa dell'Assunzione: un provvedimento a cui è storicamente legata la tradizione della Festa del Perdono, celebrata ancora oggi. Nelle ultime domeniche di Carnevale si svolgono le sfilate dei carri in maschera, che si concludono con la Festa della Salacca. La città conserva anche la Basilica di Santa Maria delle Grazie e la Chiesa di Santa Lucia.
