San Cipriano est connu depuis le Xe siècle, quand il appartenait à l'église San Giovanni Domnarum de Pavie, et peu après il passa, avec Stradella et Portalbera, sous la seigneurie de l'évêque de Pavie. Puis, pour des raisons que les sources n'éclairent pas, il se trouva divisé : environ trois quarts du village relevaient du fief de Broni, depuis 1536 aux comtes Arrigoni de Milan, et un quart de celui de Stradella, qui restait à la mense épiscopale. C'était une seule commune avec deux juridictions : la partie épiscopale, dite Corte di San Cipriano, au sud, où se trouve l'église ; celle de Broni au nord. Cela prit fin en 1797, avec l'abolition de la féodalité, mais le village se voit encore en deux groupes de maisons, un par partie.
À l'époque napoléonienne Buffalora et Coste furent réunies à la commune ; jusque-là elles étaient des communes à part, et elles aussi appartenaient aux deux fiefs qui se partageaient San Cipriano, Buffalora au comté de Broni et Coste au fief épiscopal de Stradella et Portalbera : le même partage se répétait tout autour, en petit. Les armes que la commune utilise n'ont jamais eu de décret de concession ; la fasce d'azur qui les traverse est le Pô, sur la rive droite duquel le village se tient, dans la plaine de l'Oltrepò Pavese. En dialecte on dit San Spariän.
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